Infecties treden vaak op door onhygiënisch werken bij het toedienen van injectoren bij de behandeling van een mastitis veroorzaakt door een andere kiem, doordat schimmels of gisten mee het tepelkanaal in worden geschoven. In veel gevallen zijn gisten en schimmels ongevoelig voor de toegepaste antibiotica, zodat er niets is wat een vermenigvuldiging in de weg staat.

Ook kunnen, zeker bij een minder goede hygiëne in de stal, spontane infecties optreden. Bekende gisten zijn Candida (het meest voorkomend als mastitisverwekker), Trichosporon en Cryptococcus. Aspergillus en Trichosporon zijn schimmels die als mastitisverwekker bekend staan. De verschijnselen van een infectie geven een wisselend beeld. Bij Aspergillus- en Trichosporon-infecties kunnen dieren heftig ziek zijn met sterk gezwollen kwartieren. In andere gevallen kan het beeld mild zijn. In Nederland wordt in minder dan 1 procent van de koeien met een klinische mastitis een schimmel of gist infectie vastgesteld.

Gisten en schimmels zijn geen bacteriën en zijn ongevoelig voor antibiotica. Sommige antimycotica (antischimmelmiddelen) werken in het laboratorium redelijk tot goed tegen schimmels, maar de resultaten in het veld zijn minder gunstig. Bovendien zijn er geen uierinjectoren met antimycotica verkrijgbaar. Behandeling met de gebruikelijke uierinjectoren met antibiotica werkt averechts, omdat antibiotica de groeiomstandigheden van de schimmel of gist juist verbeteren.

Regelmatig uitmelken zal een spoedig herstel bevorderen. De meeste infecties met Candida genezen spontaan binnen twee tot vier weken. De verwekker kan echter vaak nog lang uit het kwartier gekweekt worden. Mastitis veroorzaakt door Cryptococcus herstelt zelden of nooit spontaan.

(Chronisch) besmette dieren moeten afgevoerd worden.