Fourier-transform infrarood (FTIR)- spectroscopie is een snelle en relatief goedkope techniek waarmee het mogelijk is om intramoleculaire vibraties in chemische bindingen te meten. Een chemische binding tussen twee atomen is niet star. Atomen bewegen continu ten opzichte van elkaar. Net zoals gekleurde stoffen licht absorberen, zijn chemische bindingen door hun trillingen in staat om frequenties infrarood licht te absorberen. De hoeveelheid licht die van elke frequentie wordt geabsorbeerd, is afhankelijk van het chemische karakter van de binding. Het infraroodspectrum van een bacterie wordt dus gevormd door de biochemische samenstelling van de bacteriecel.

Er komt bij het uitvoeren van deze techniek het nodige kijken. Onder zeer gestandaardiseerde condities wordt een reincultuur gemaakt, met strakke grenzen voor de incubatietemperatuur en -tijd. Het maken van een suspensie van het koloniemateriaal en het aanbrengen op de targetplaat, die vervolgens aan het apparaat wordt aangeboden, vereist eveneens een zeer gestandaardiseerde werkwijze.

De procedure vanaf het maken van een koloniesuspensie tot en met het genereren van een spectrum, neemt enkele uren in beslag, waarbij zo’n twintig isolaten per run getest kunnen worden. Het computerprogramma dat de spectra analyseert, doet binnen enkele seconden een uitspraak over de onderlinge verwantschap van de isolaten op basis van de gegenereerde IR-spectra. Met FTIR-spectroscopie kan dus relatief snel, en tegen beduidend lagere kosten dan van een DNA-sequentieanalyse, een uitspraak worden gedaan over een mogelijke verwantschap met andere isolaten van dezelfde bacteriesoort.