De diagnostiek van Clostridium (C.) perfringens wordt bemoeilijkt doordat deze kiemen normaal voorkomen in de intestinale tractus van veel diersoorten. Clostridia zijn op zichzelf niet pathogeen, maar de productie van toxinen kan leiden tot ernstige ziekteverschijnselen. Het aantonen van toxinen is echter kostbaar en wordt bemoeilijkt door de korte halfwaardetijd van de toxinen.

De diagnostiek bij runderen, schapen en geiten is gebaseerd op het sectiebeeld, in combinatie met een overmaat aan C. perfringens. Eventueel kan met een PCR-test worden nagaan of geïsoleerde stammen bepaalde toxine-genen bezitten.

Campylobacteronderzoek wordt niet standaard uitgevoerd. Als Campylobacteronderzoek is aangevraagd, wordt gebruik gemaakt van selectieve media en micro-aërobe incubatie-omstandigheden. Campylobacter wordt ook veelvuldig gevonden bij gezonde dieren, dus de rol ervan als darmpathogeen is onduidelijk.